Bien que ce système contribue au suivi de l'incidence normale de la grippe hivernale, son utilité peut être considérée comme douteuse en cas d'épidémies telles que la pandémie de grippe aviaire en Asie. Dans de tels cas, le tapage médiatique entourant l'apparition de l'épidémie conduit probablement tout un chacun à se sentir malade et à faire des recherches sur le Web.

Toutefois, selon l'analyste Ovum, ce type d'exploitation des données soulève certaines questions importantes concernant la confidentialité. La plupart des gens s'accordent sur le fait que la lutte contre les pandémies de grippe est une affaire d'utilité publique, mais la question soulevée par Ovum concerne l'étendue de ce suivi, en particulier dans l'éventualité où les données récoltées pourraient être attribuées à une personne déterminée. L'examen des mots-clés de recherche prouve-t-il réellement qu'un individu est atteint de la grippe ? Pourrait-il se voir interdit de voyage ? Dans une vision plus sinistre, cette même technologie pourrait être employée pour identifier d'autres problèmes de santé publique. La recherche des symptômes du SIDA, par exemple, pourrait-elle alors désigner un porteur possible du virus à travers son empreinte numérique ?

Naturellement, Google est consciente de ces problématiques de confidentialité et déclare : « Google Flu Trends ne pourra jamais être utilisé pour identifier les utilisateurs, car nous nous appuyons sur des données anonymes et groupées portant sur la fréquence hebdomadaire de certaines requêtes. » Toutefois, le vent pourrait facilement tourner en cas de pandémie de grippe, actuellement l'une des plus grandes menaces pour la plupart des pays. En cas de poussée épidémique, les autorités feraient tout ce qui est en leur pouvoir pour stopper la propagation de la maladie. Cette situation pourrait également impliquer les mots-clés recherchés sur Google, comme c'est le cas dans la lutte contre le terrorisme. Une fois le génie hors de la bouteille, il sera impossible de l'y faire rentrer.